R能使用webservice接口获取数据么？

kidneyle

如果获得数据是分析中重要的内容。现在我们单位很多数据都储存在数据库中。比较杂乱，最近让公司给我们正在开发webservice接口以和别的系统实现数据交换。

不知道R能不能使用webservice接口获取数据，如果能。哪位达人能不能给我指一条学习的道路？

万分感谢

lyxmoo

R 支持直连数据库，包括ODBC 和 DBI 各种，如 mysql, oracle ,postgresql 等各种。R 读取他数据库，不用开发复杂的代码。少数异类除外，如现今流行的NoSql, 不过即使接入NoSQL也是能实现的。

数据交换么，看怎么定义了。如果让R给他标的供数据，R可以的，可以通过 rapache 模块输出 Web 接口上的 xml ；

如果用R读他源 web 数据，rCurl 可以的；

webservice 是个桶呢，还是个桶呢？

G_will

这帖子是坑啊，webservice太空泛了。

kidneyle

谢谢版主和G_will的回复。

因为我们单位的这个接口程序还正在开发。我是R的超级菜鸟。提问的时候还没有拿到接口文档。

现在开发公司的程序员已经将接口文档发送给我了，以下是其中的一部分说明，不知道这个接口将来能否用R来提取数据？如何提取？

再次谢谢大家1

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Webservice提供一个方法

方法参数说明

a) 参数funname

i. 操作的类型（即调用的方法）

b) 参数xml

ii. 格式：

<requestXml> //请求信息

根据下载内容不同可以增加其他参数，具体的在下面各个方法中有说明

</requestXml>

c) 返回值

iii. 根据请求类型不同得到不同内容的xml字符串，其中根结点是responseXml

iv. 一定包含下列内容：

<messageInfo> //返回消息

<successInfo>0</successInfo> //成功标记 0—成功 1—失败

<message></message> //消息内容

</messageInfo>

方法：public String uploadInfoInfo (String funname, String xml)

基础数据：

参数funname：baseinfo

参数xml：

<requestXml>

<mrId></mrId>//

</requestXml>

返回值：

<responseXml>

<messageInfo> // 返回消息

<successInfo>0</successInfo> // 成功标记 0—成功 1—失败

</messageInfo>

<MAINMR>

<MRID></MRID> //

<PATIENTNAME></PATIENTNAME>// 姓名

<NAMESPELL></NAMESPELL>// 姓名拼写

<SEX></SEX>// 性别

<BIRTHDAY></BIRTHDAY>// 出生日期// YYYYMMDD

<MARRIED></MARRIED>// 婚姻状况 0未婚/1已婚/2离异/3鳏寡

<NATIVEPLACE></NATIVEPLACE>// 籍贯

<BORNPLACE ></BORNPLACE >// 出生地

<BLOODTYPE></BLOODTYPE>// 血型

<HEIGHT></HEIGHT>// 身高

<WEIGHT></WEIGHT> // 体重

<NATION></NATION> // 民族

<COUNTRY></COUNTRY>// 国籍

<CULTURELEVEL></CULTURELEVEL>// 文化程度

<WORKFOR></WORKFOR>// 工作单位

<WORKADDRESS></WORKADDRESS>// 工作地点

<JOB></JOB>// 职位

<HOMEADDRESS></HOMEADDRESS> // 家庭住址

<POSTZIP></POSTZIP>// 邮编

<HOMEPHONE></HOMEPHONE> // 宅电

</MAINMR>

</responseXml>

bjt

回复第4楼的 kidneyle：可以，参考XML包，或者自己通过正则表达之匹配也没有问题

kidneyle

谢谢回复

接口程序公司的人已经安装到服务器上去了（内网）

3个月过去了，但我还是没有学会怎么用R直接调用？

我在看XML的时候，都有url = "http://www....."，但这个接口参数好像不需要url，不知道怎么下手了

能告诉我怎么实现么？

十分感谢

lyxmoo

回复第6楼的 kidneyle：

你这三个月看了哪些文档？列出来。

kidneyle

最近1年我试图在工作中使用R，想到如果能够直接从数据库接口中获得数据，而不用手动一个个复制粘贴数据的话，能够大大提高工作效率。

但我不是学统计学专业的、也不是学计算机专业的。用R的基本功能还可以，涉及到接口提取数据对我而言太难了，所以想找大家帮帮忙，看看有没有我能学会的办法搞定这个接口。

谢谢

rainy14f

Web services大致来讲就是通过HTTP协议，利用XML语言来调用服务端的资源。你上面提供的文档并没有说明调用的地址，即HTTP。。。。。就好像我告诉你今天晚上有一场演出很好看，你有了节目表，但并它没告诉你在哪里，怎样才能看到。所你最好问问开发这些web services的人要通过什么方式调用。然后你就需要发出以XML为内容的HTTP请求来进行调用。返回值同样是XML，这就需要你进行解析。从你上面的帖子看这个系统是另一个公司开发的？那还有可能涉及调用时的身份验证，来证明你有权限调用这些数据。这些你都需要更多的信息。

kidneyle

感谢回复

地址我知道在哪，也有权限调用。

在内网192.168.1.14:8080/SZBWS/SZBWS/services/BusinessOperation.wsdl

这几个参数不知道怎么用？能不能帮我大概写一个程序？然后我自己慢慢琢磨，谢谢

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方法：public String uploadInfoInfo (String funname, String xml)

基础数据：

参数funname：baseinfo

参数xml：

<requestXml>

<mrId></mrId>//

</requestXml>

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我看有一个网页可以通过以下类似的方式连接，但我没成功。

## Install SSOAP from Bioconductor ##

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("SSOAP")

## Load the SSOAP library ##

library(SSOAP)

## Create a SOAPServer instance for the web service ##

srv = SOAPServer("http://www.wikipathways.org/wpi/webservice/webservice.php");

## List all organisms on WikiPathways ##

reply = .SOAP(srv, "listOrganisms", action=I("listOrganisms"), handlers=NULL)

doc = xmlParse(reply$content, asText=TRUE)

organismNodes = xmlElementsByTagName(xmlRoot(doc), "organisms", TRUE)

for(node in organismNodes) {

print(xmlValue(node)) #Print the organism name to the screen

}

## Find all pathways for the 'apoptosis' keyword ##

reply = .SOAP(srv, "findPathwaysByText", query="apoptosis", species="", action=I("findPathwaysByText"), handlers=NULL)

doc = xmlParse(reply$content, asText=TRUE)

# Find the result nodes with an xpath query

resultNodes = getNodeSet(doc, "//*[local-name()='result']")

# Print the pathway name, species and url for each result

for(node in resultNodes) {

children = xmlChildren(node, addNames= TRUE)

url = xmlValue(children$url)

name = xmlValue(children$name);

species = xmlValue(children$species);

print(paste(name, " (", species, "): ", url, sep=""))

}

kidneyle

还是用Python才搞定

lyxmoo

回复第11楼的 kidneyle：

理论上讲，python可以干的，R都可以干，反之也一样，不过成本有所不同。

如果你没有很多数据，也不用统计啥的方法，还不用画图，那你跑到R里做什么？