程辑包

xfh

我在R下出入>library("BSgenome") 出现载入程辑包 I Ranges 是什么意思啊?

zxfyw

很可能是BSgenome package需要用到l Ranges这个package

biomedbox

回复第1楼的 xfh：

IRanges是Bioconductor几个定义基本数据结构的包之一，主要用来描述interval data，sequence 等等，可以方便的快速的进行overlap，subset，disjoint等等的操作（底层用c优化过了）。BSgenome应该是依赖于IRanges的，用bioc安装的时候这些包都会被自动装入的。

xfh

回复第3楼的 biomedbox：我输入> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")这个命令时，出现BioC_mirror = http://www.bioconductor.org

Change using chooseBioCmirror().

这是什么原因呢。谢谢指导！

biomedbox

回复第4楼的 xfh：

biocLite()实质上是更复杂版本的install.packages(), 所以如同你用install.packages()安装的时候需要选择镜像，用biocLite（）一样，默认在美国，还有一个服务器在德国，用biocLite()安装之前，用chooseBioCmirror()选择距离自己近的镜像，下载安装速度快。

xfh

回复第5楼的 biomedbox：谢谢指导。我还有一个问题啊，我安装biocLite（“BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19"）这个东西，它只有844Mb，怎么说我的设备没有空间了呢。对了，我用的是虚拟机Linux。

biomedbox

回复第6楼的 xfh：请问你的虚拟机空间有多大？因为安装BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19的时候，如果你是第一次安装Bioconducotor的包，你会有很多必须的包都没有安装，系统会按照依赖把这些包隐形的都安装上去，但是安装的时候你也可以看到，比如那个IRanges是其中之一，又比如BSgenome，所以实际空间肯定大于844Mb，另外你看的844Mb可能是源码压缩包的大小，实际安装释放空间比这个大。如果你要长期用Bioconductor，要么给虚拟机分配足够的空间，要么不用虚拟机了，影响效率（虚拟机包括内存分配都没啥优势），因为Bioc很多数据metadata可以下载，就算这次问题解决了，你下了个人类基因的anno data，但是之后你可能又需要其他数据和包了，空间又不够用了。

xfh

回复第7楼的 biomedbox：嗯，非常感谢！我还是装成双系统比较好，呵呵。对了，我的R上这些IRanges ， Biostrings ， GenomicRanges 之类的包，重启R时，在我每次输入>library(MEDIP)时都要求载入呢，我刚接触R，麻烦多多指教啊！

biomedbox

回复第8楼的 xfh：

[s:18]不客气，Bioconductor中有两类基础，都是Bioc的核心成员编写的，用来描述数据结构的一类，和用来I/O的一类，这些包大多都会被Bioc的其他包依赖，所以你在使用的时候会自动加载。

ps:你这个MEDIP为什么在Bioc的开发里没有呢，是不是正在开发中，还没有发布呢？

xfh

回复第9楼的 biomedbox：这个MEDIPS是不久前刚发表的，可能还有点问题。非常感谢你的指导！

xfh

回复第9楼的 biomedbox：你好，能不能帮我看一下这是什么原因，我输入> CONTROL.SET = MEDIPS.readAlignedSequences(BSgenome = "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19", + file = "MEDIP_hESCs_chr1-3.txt", numrows = 5461263 ) 这命令是在那说明上抄的，但是为什么会报错呢。Error: unexpected '=' in "CONTROL.SET = MEDIPS.readAlignedSequences(BSgenome = "BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19", + file ="

谢谢了！

biomedbox

回复第11楼的 xfh：

Hi，你在运行手册中的程序的时候注意两点：

1. 粘贴复制的时候不要把那个+号复制进去，那个是表示R自动换行的时候显示的，实际上这是一行程序，你把file前面的+号删除就行了，这个错跟=号没关系。

2.文件路径

我看了下你这个包，例子中的文件需要单独下载，在他的网站上，直接运行就算1不报错了，也无法找到文件的。直接给你的地址

http://medips.molgen.mpg.de/MEDIPS_v1.2/MeDIP_hESCs_chr1-3.txt.gz

下载后解压缩

把本地地址的文件绝对路径替换到命令中file后面

运行就行了

biomedbox

回复第11楼的 xfh：回复了结果没出来，再来一遍

1. 把那个file前的+号删除了，那个是换行产生的，你不能直接复制文档里的程序到R运行，得把链接换行符+号都删除了

2. 这个不报错了，我估计下一个错，就是找不到文件了，

我刚去看了下你的包，命令行中的文件

MEDIP_hESCs_chr1-3.txt

他没有包含在包里，你得到他的网站下载

http://medips.molgen.mpg.de/MEDIPS_v1.2/MeDIP_hESCs_chr1-3.txt.gz

解压缩后

把本地绝对路径替换命令行中的file路径

运行即可

xfh

回复第13楼的 biomedbox：真是感谢，给予这么详细的指导！

xfh

回复第14楼的 xfh：非常感谢，跑通了，O(∩_∩)O~

xingyulin51

程辑包'mmgmosI'没有安装在'arch=i386'中

总是出现这个错误，不知道具体如何解决？？哪位大侠明示！！！

suzhzh

我也是出现如xingyulin51一样的错误，求助