找到如下相关信息，在这里转发一下，也许有人用的着~~~~~library(ade4)
library(picante)
library(seqinr)
library(nlme)
library(ape)
#从GenBank上检索到植物matK基因序列编号，记录如下。将这些名字
#统一存入matK中。
matK<-c( "AM296050","U61338","EU087333","EU087359","EU087339","AF454854"
,"EU087301","AF454856","EU087328","AB012730","AY494184","EU087358","AF454858"
,"EU087338","EU087317","AB012729")
matK.dna<-read.GenBank(matK) #从GenBank上读取序列信息
write.dna(matK.dna, "D:/matK.fas", format = "fasta") # 将读取的信息存为Fasta格式
#在ClustalX中进行序列比对，结果存为matK.phy
phymltest.rho<-phymltest("matK.phy",execname="phyml_3.0.1_win32.exe") #用Phyml读取比对好的结果，并进行模型评估，选出最优化的模型
# 经过选择，最优化的模型为GTR+I+Gamma，基于该模型预测的结果在第28个树中
plot(phymltest.rho)
tr<-read.tree("matK.phy_phyml_tree.txt") # 读取树文件
mltree.matk<-tr[[28]] # 在tr中提取第28个树（基于GTR+I+Gamma，预测的极大似然树）。
mltree.matk<-root(mltree.matk,"AB012729") #将AF520123设定为根
par(mfrow=c(1,2)) #绘图命令
plot(mltree.matk) # 绘制有根树
mltree.matk<-drop.tip(mltree.matk,"AB012729") #去掉AF520123外类群
plot(mltree.matk) # 绘制无根树
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