最近在用Knitr写一个文档。

其中要用到VIM包中的aggr函数来可视化缺失数据，相关的代码如下：

<br />
fj2Data <- read.csv("fj2.csv")<br />
fj2Data[fj2Data==-9] <- NA<br />
library(VIM)<br />
aggr(fj2Data,prop=FALSE, numbers=TRUE,las=0)<br />

上面的代码是将附件2(fj2.csv)中的数据导入到fj2DaTa中，然后将-9项置为缺失值

最后调用VIM包的aggr函数画图。</p>

我在RStudio中运行过这个代码，没有错误。

但是我在用Knitr生成PDF格式的文档时，却一直报错。

Knitr的测试源代码如下（大家可以自己测试一下，安装VIM包就可以了）：

<br />
\documentclass{article}</p>
<p>\begin{document}</p>
<p><<fig=TRUE>>=<br />
plot(cars)<br />
@</p>
<p><<echo=FALSE,fig=TRUE>>=<br />
library(VIM)<br />
aggr(sleep,prop=FALSE, numbers=TRUE)<br />
@</p>
<p>\end{document}<br />

报错信息为：</p>

Running pdflatex.exe on knitrTest.tex...failed

上面那个knitrTest是文件名，这表示已经把Rnw格式转化成了tex，

但是将tex生成PDF的时候出了问题，于是我用自己的TeX编辑器打开tex试了下

发现了这样的报错信息

!pdfTeX error: pdflatex.exe (file C:/Documents and Settings/Administrator/My Do

cuments/knitr问题测试/figure/unnamed-chunk-21.pdf): PDF inclusion: required

page does not exist <0>

大概意思是说要插入的PDF不存在。

我到Knitr保存插图文件的文件夹里看了下，发现里面有三个PDF文件：

分别是unnamed-chunk-1.pdf unnamed-chunk-21.pdf unnamed-chunk-22.pdf

unnamed-chunk-1.pdf就是我上面Knitr源代码中plot(cars)的图片

unnamed-chunk-22.pdf就是我想要得到的缺失值可视化的图片

问题的关键在于unnamed-chunk-21.pdf 这个文件根本打不开，提示文件已损坏。

而且根本就不应该出现unnamed-chunk-21.pdf unnamed-chunk-22.pdf 这两个文件，

因为aggr画出的图应该只有一个

最后我在knitrTest.tex中将

\includegraphics[width=\maxwidth]{figure/unnamed-chunk-21}

这一句注释掉，然后就能生成PDF了，虽然勉强的解决了，但是一直这么搞也不是办法。

我后来用sweave中试了一下，同样的代码，发现没有出现任何问题。

本来看到Knitr的介绍兴致勃勃的准备用Knitr，结果画第一个图就出现这样的问题。。实在是很无语

不知道这是不是Knitr的Bug？